История кафедры берёт своё начало в далёком 1965 году, когда под руководством к.м.н., доцента Г.В. Хорошкевича (занимался изучением кровоснабжения пищевода человека и разработкой методов его резекции) был образован курс хирургии стоматологического факультета.

С 1966 по 1974г., курсом заведовала д.м.н., профессор С.Л. Тыдман. Известный хирург, педагог, доктор мед. наук (1963), профессор (1968), заслуженный врач РСФСР (1967), участница ВОВ. Награждена: орденами Ленина, Красной Звезды, Отечественной войны 2 степени и 6 медалями. Основные научные труды: Заболевания оперированного желудка и повторные операции при некоторых из них. Является автором 48 научных работ, под её руководством подготовлено 2 кандидатские диссертации.

С 1974 по 1978 г.г. курсом заведовал к.м.н., доцент Ф.А. Кудяков.

В 1978 году заведующим курса хирургических болезней стоматологического факультета стал к.м.н., доцент Л.В. Попков, который возглавлял его в течение 9 лет. В 1987 году решением Учёного Совета ВМИ курс был объединён с кафедрой хирургических болезней педиатрического факультета (создана в 1975 году учеником и последователем А.А. Полянцева и В.Г. Карпенко доктором медицинских наук, профессором Ю.А. Рубайловым).

Вновь образованную кафедру хирургических болезней педиатрического и стоматологического факультетов возглавил Ю.А. Рубайлов, который работал почти во всех областях хирургии. Под руководством Ю.А.Рубайлова был разработан и широко внедрен в практику метод 2-х этапной пластики ожогово измененного пищевода трансплантантом из илеоколон. Он и его ученики предложили и внедрили в практику много новых, оригинальных методов лечения этой сложной патологии. Для активизации репаративных процессов в ожоговом пищеводе, в зоне пищеводных анастомозов они активно использовали гипербарическую оксигенацию, внутрипищеводное лазерное облучение. По данной проблеме было издано 2 научно-тематических сборника, защищено 9 кандидатских диссертаций.

В 1998г. на должность заведующего кафедрой хирургических болезней педиатрического и стоматологического факультетов заступил д.м.н., профессор В.А. Гольбрайх. Автор 120 научных статей посвященных проблемам неотложной хирургии в эндокринологии. Под его руководством защищено 5 кандидатских диссертаций по актуальным вопросам в эндокринной хирургии.

31 декабря 2009 года заведующим кафедрой хирургических болезней педиатрического и стоматологического факультетов назначен И.В. Михин, который в 2004г. – защитил докторскую диссертацию на тему «Малоинвазивные технологии в диагностике, лечении и профилактике спаечной болезни брюшной полости (клинико-экспериментальное исследование)», является автором 86 публикаций, 8 рационализаторских предложений, 3 патентов, 2 учебно-методических пособий с грифом УМО, монографии, внедрений в практическое здравоохранение.