На факультете разработаны «сквозные» программы обучения, имеется документация, отражающая состояние учебно-методической работы. Так подготовлены журналы учета посещаемости лекций и практических занятий, учета посещаемости практических занятий, консультаций, отработок, экзаменов, индивидуальные планы преподавателей, наглядные пособия, ситуационные задачи и тесты различных уровней. На факультете разработаны положения о дипломной работе и о заочной форме обучения.

Сотрудниками кафедр факультета за последние 5 лет разработано и издано более 40 учебно-методических пособий, методических указаний к занятиям для студентов очного и заочного факультетов, тестовых заданий, разработок, рекомендаций и учебников. На 12 объединенных по семестрам или по всему курсу методическим разработкам, получен гриф УМО МЗ РФ, а еще шесть в настоящее время находятся на рассмотрении проблемных комиссий. По курсу патологии, подготовлен учебник по патологии для студентов фармацевтического факультета, а на кафедре клинической фармакологии изданы 2 пособия для студентов заочного отделения по курсу клинической фармакологии и по первой доврачебной помощи, рекомендованные УМО для других вузов. В 2006 году сотрудниками выпускающих кафедр издано около 7 учебно-методических пособий, на кафедре фармацевтической и токсикологической химии и кафедре технологии лекарственных форм изданы 2 монографии 1 монография. На всех кафедрах факультета имеется перечень обязательных практических навыков для студентов, выполнение которых контролируется в течение учебного года и экзаменационной сессии.

Учебный процесс на факультете обеспечен необходимыми учебниками, учебно-методическими пособиями, рекомендациями, монографиями отечественных и зарубежных специалистов. Библиотечный фонд университета располагает достаточным количеством основной и дополнительной литературы, рекомендованной МЗ РФ и ВУНМЦ по непрерывному медицинскому и фармацевтическому образованию. Кроме того, сотрудники факультета принимают активное участие в разработке и создании учебной литературы для фармацевтических факультетов медицинских вузов страны.