Отдел книгохранения является не только основным хранилищем фонда библиотеки (690000 экз.),но и отделом обслуживания и распределения литературы между отделами. Он отвечает за сохранность и безопасность фонда. Обеспечение сохранности фондов единый и непрерывный процесс, начинающийся с момента поступления документов в отдел и продолжающийся постоянно на протяжении всего периода хранения и использования литературы. Безопасность фонда подразумевает его защищенность как конкретно от материального и социального объекта.

Основные задачи отдела: своевременное обеспечение читателей литературой по их требованию; участие в учебно-воспитательной и научно-исследовательской деятельности вуза.

В структуре книгохранения выделен «Сектор редкой книги», его фонд составляют ценнейшие издания отцов мировой медицины: Гиппократа, Леонардо да Винчи, А. Везалия, Авиценны, а также уникальные справочные издания. В секторе редкой книги находится литература с XV до 30-х годов XX века. Это литература по медицине и естественным наукам как на русском языке (с XVIII века по 30-е года XX века), так и на иностранном языке (XVI по 30-е года XX в.); фонд диссертаций XIX в. До 40-х годов XX века, книговедческая и справочная литература (XIX до 30-х годов XX века).