Научно-исследовательская деятельность на факультете ведется по направлениям, соответствующим профилю подготовки специалистов. Основным научным направление кафедры терапевтической стоматологии является «кариес зубов и его осложнения». Практически все результаты научных исследований внедряются в учебный процесс кафедры и факультета в целом. Кафедра хирургической стоматологии разрабатывает и внедряет в практическое здравоохранение методы диагностики и лечения пациентов с воспалительными заболеваниями челюстно-лицевой области. На кафедры изданы монографии, защищены кандидатские и докторские диссертации по указанному научному направлению.

Научным направлением кафедры ортопедической стоматологии являются «методы диагностики и ортопедического лечения в системе комплексной профилактики стоматологических заболеваний». Сотрудники кафедры защищают диссертационные работы, публикуют научные статьи и выступают с проблемными докладами на всероссийских и международных конференциях по теме научного направления кафедры.

На кафедре стоматологии детского возраста основным направлением научной деятельности является «Профилактика и лечение пациентов с врожденной и приобретенной патологией челюстно-лицевой области». Сотрудники кафедры принимают активное участие в научной деятельности. Выступают с докладами на конференциях, защищают диссертационные работы, являются авторами и соавторами учебников, учебных пособий, методических рекомендаций.